Действие происходит в мире будущего, где человечество разделилось на две части. Мехари, люди с механическими телами, не чувствующие ни голода, ни холода, и способные существовать хоть тысячу лет, живут в Мегаполисе - покрытом куполом ультрасовременном городе со всеми удобствами и искусственным контролем климата. Остальные же - бедняки, неспособные заработать на мехатело, - вынуждены вести существование вне купола, в тяжёлых условиях и безо всякой защиты от мехарей, которые порой охотятся на людей просто ради забавы.Главный герой нашей истории, мальчик по имени Хосино Тэцуро, рано потерял обоих родителей. Он обещает умирающей матери не смотря ни на что добыть себе мехатело и жить долго и счастливо. Для этого ему нужно раздобыть билет на Галактический Экспресс 999 - легендарный космический поезд, раз в год отправляющийся с Земли на Андромеду, где, как говорят, можно бесплатно механизироваться. И тут ему встречается загадочная женщина по имени Мэйтел и предлагает такой билет с единственным условием - он должен поехать вместе с ней. Тэцуро, несмотря на всю странность такой просьбы, соглашается. Так начинается его бесконечное путешествие через звёзды и планеты. И никто не знает, что ждёт его дальше. Впереди - только разливающийся в вечность океан сияющих звёзд...