Муто Юги победил Пегаса в Королевстве Дуэлянтов. Теперь наследник Пегаса, Тенма Якоу, хочет отомстить. Он берет на себя управление Kaiba Corporation, пока Кайба Сето находится в Америке.

Он вызывает Юги на дуэль и побеждает, используя эффектную, но таинственную карту бога, а затем похищает Анзу! Таким образом, у Юги нет другого выбора, кроме как принять вызов Тенмы. Он должен пройти поединок против тринадцати профессоров дуэлей в KC, чтобы добраться до Тенмы и победить его.